Até as 10h40, pelo menos três alterações nos serviços dos trens foram registradas. De acordo com a concessionária, por volta das 6h20, ao passar pela estação de Manguinhos, as composições precisavam parar e aguardar liberação. Cerca de 10 minutos depois, os trens receberam autorização para voltar a circular.

Ainda segundo a SuperVia, um trem que seguia para Gramacho teve a viagem interrompida em Triagem, e um que seguia para a Central do Brasil também foi parado em Bonsucesso. A circulação do ramal havia sido normalizada às 7h22.

Às 8h, os trens do ramal Saracuruna voltaram a aguardar ordem de circulação na estação da Zona Norte em função dos confrontos na região. Segundo a concessionária, os trens circulavam apenas entre as estações Bonsucesso e Gramacho. As partidas da Central do Brasil para o ramal chegaram a ser suspensas às 8h40.

A normalização do ramal Gramacho havia sido anunciada pela SuperVia por volta das 10h, mas, quarenta minutos depois, os trens do ramal voltaram a sofrer restrições, e circulavam apenas entre as estações Gramacho e Bonsucesso, sem partidas da Central do Brasil. Às 11h40, a concessionária anunciou pelo Twitter que os trens estavam em processo de normalização.

Pelas redes sociais, passageiros lamentavam a situação e relatavam momentos de medo próximo à região de Manguinhos, que ainda registrava confrontos por volta das 10h50.